Das Landeskomitee der Katholiken in Bayern hat die AfD scharf kritisiert und vor einer politischen Vereinnahmung des Christentums gewarnt. Die Partei gebe sich zwar als Verteidigerin des „christlichen Abendlands“, vertrete nach Einschätzung der katholischen Laienvertretung aber zunehmend Positionen, die gegen Kirchen und das kirchliche Leben gerichtet seien. Der Vorsitzende Christian Gärtner sprach bei der Frühjahrsvollversammlung am Samstag in Augsburg von einer „christen- und kirchenfeindlichen Partei“.
Gärtner verwies dabei auf eine wachsende Spannung zwischen christlicher Sprache und politischem Programm. Die AfD nutze religiöse Begriffe, um kulturelle Zugehörigkeit zu markieren, stelle sich aber zugleich gegen zentrale Institutionen des kirchlichen Lebens. Besonders kritisch sieht das Landeskomitee Angriffe auf die Kirchensteuer, die kirchliche Flüchtlingshilfe („Kirchenasyl“) und die öffentliche Rolle der Kirchen in einer pluralen Gesellschaft.
Primär bezieht sich die Kritik auf das AfD-Regierungsprogramm in Sachsen-Anhalt. Darin werden die großen Kirchen als „Kirchensteuerkirchen“ bezeichnet und die bestehenden finanziellen Regelungen kritisiert. Das Programm bekennt sich zum Christentum als Teil der europäischen Kultur, verbindet dies jedoch zugleich mit scharfer Kritik am derzeitigen Kurs der Kirchen. Kirchenrechtler Hans Michael Heinig wertete die Haltung der AfD als deutlichen Bruch mit der bisherigen kirchenfreundlichen Tradition der Parteien.
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